Mata kuliah Pendidikan Agama Islam (PAI) adalah wajib diprogramkan oleh mahasiswa di seluruh prodi di UMI. Mata kuliah ini didistribusikan pada semester empat, setelah mengikuti perkuliahan mata kuliah Aqidah, Syariah, dan Akhlak. Capaian pembelajaran, mahasiswa diharapkan mampu mengidentifikasi, memahami dan mengamalkan nilai-nilai keislaman yang dibangun oleh tiga tiang penopang yang saling mengikat dan terintegrasi, yakni aqdah, syariah, dan akhlak dalam aktivitas kehidupan sehari-hari.