PMDI adalah matakuliah yang membahas dinamika pemikiran di dunia Islam khususnya pada peride modern (1800 M dan seterusnya). Namun demikian, perkembangan pemikiran Islam yang muncul setelah periode tersebut juga diungkap secara garis besar, sebab pemikiran Islam pada periode modern merupakan kelanjutan dari periode-perode sebelumnya. Materi awal mendikskusikan berbagai istilah kunci, seperti, modern, modernisasi, neo-modernisme, purifikasi, westernisasi dan tardisionalisasi.  Di samping itu, juga akan diungkap sejarah muncul dan berkembangnya pemikiran modern di dunia Islam. Setelah beberapa istilah kunci tersebut dipahami secara baik, matakuliah ini dilanjutkan dengan diskusi mengenai beberapa corak pemikiran yang berkembang, misalnya bayani, irfani, dan burhani. Perlu ditegaskan, bahwa matakuliah PMDI tidak diorientasikan untuk mengungkap secara keseluruhan pemikiran para pemikir modern, tetapi hanya akan diambil beberapa contoh, baik dari Indonesia maupun luar Indonesia. Tujuannya adalah untuk mengungkap karakteristik pemikiran, butir-butir pemikiran, kontribusi terhadap dunia Islam pada masanya  dan berbagai pelajaran yang dapat diambil darinya. Guna mewujudkan tujuan tersebut, model berfikir gerakan ganda (double movement), yakni masalalu-masa kini- masa yang akan datang, harus diterapkan.